XI əsrin ortalarına qədər xristian kilsəsi vahid kilsə hesab olunurdu. Lakin Qərbi Avropada kilsənin başçısı Roma papası, Bixzansda isə Konstantinopol patriarxı idi. Patriarx Bizans imperatorundan asılı idi. Roma papası Şərqi Avropanın xristianlığı Bizansdan qəbul etmiş bəzi ölkələrini də özünə tabe teməyə çalışırdı. Xristian kilsəsinə ağalıq etmək və onun gəlirini bölüşdürmək üstündə papa ilə patriarx arasında şiddətli mübarizə gedirdi. 1054-cü ildə xristin kilsəsi Qərbvə Şərq kilsələrinə parçalandı. Papa ilə patriarx bir-birinə lənət oxudu. O zamandan Qərb kilsəsi katolik kilsəsi («yəni ümumdünya» kilsəsi), Şərq kilsəsi isə pravoslav kilsəsi (yəni «həqiqi din kilsəsi») adlanmağa başladı.
Çoxlu feodal mülklərinə parçalanmış olan Qərbi Avropada katolik kilsəsi yeganə mütəşəkkil qüvvə idi. Katolik kilsəsinin İtaliyada Papa vilayəti adlandırılan və Roma papasının başçılıq
etdiyi ayrıca bir dövləti var idi. Papalar Avropa hökmdarlarını özlərinə tabe etməyə çalışırdılar. XI əsrin sonunda papa VII Qriqori ilə Almaniya imperatoru IV Henrix arasında Almaniyada yepiskop təyin etmək hüququ üstündə şiddətli mübarizə baş verdi. Kral papanı hakimiyyədən salınmış hesab etdi. Cavabında VII Qriqori IV Henrixin təbəələrini ona itaət göstərməməyə çağırdı. Bundan istifadə edən iri alman feodalları IV Henrixə qarşı qiyam qaldırdılar. İmperator papadan üzr istəmək üçün kiçik bir dəstə ilə İtaliyaya getdi. Papa İtaliyanın şimalındakı Kanossa qəsrində gizlənmişdi. IV Henrix təqsirini boyunan alan günahkar paltarında, tək bir köynəkdə və ayaqyalın üç gün qəsrin divarları yanında gəzdi. Nəhayət o, papanın yanına buraxıldı və diz çöküb günahının bağışlanmasını ondan xahiş etdi. Bu hadisədən «Kanossaya getmək» ifadəsi yarandı. Lakin feodal qiyamı yatarıldıqdan sonra IV Henrix yenidən papaya qarşı müharibəyə başladı. Papalarla Almaniya imperatorları arasında mübarizə 200 ildən çox çəkdi və papaların qələbəsi ilə nəticələndi.
Papaların hakimiyyəti özünün ən qüdrətli dövrünə şöhrətpərəst və hökmlü III İnnokentinin (1198-1216) zamanında çatdı. O, iddia edirdi ki, papa allahın yer üzərində canişinidir. İnnokentii deyirdi: «Biz (papalar) bütün xalqlara və dövlətlərə ağalıq etməliyik». İngiltərə, Polşa, İsveç və Danimarka kralları özlərini papanın vassalı hesab edirdilər. Qərbi Avropada bütün becərilən torpaqların təqribən üçdə biri katolik kilsəsinə məxsus idi. Katolik kilsəsi orta əsrlər Avropasında ən böyük torpaq sahibi və zəhmətkeşlərin ən qəddar zülmkarı idi. Ruhaniləri və məbədləri saxlamaq üçün bütün Qərbi Avropa əhalisindən onda bir vergisi alınırdı. Adamları aldadıb, onlardan çoxlu pul qoparmaq üçün kilsə xadiləri məbəd və monastırlarda «müqəddəs» elan edilən şeyləri-İsanın saçlarını, hətta «tər damçılarını», «İsanın çarmıxa çəkildiyi taxta xaçın parçalarını» da nümayiş etdirirdilər. Qərbi Avropanın bütün ölkələrindən papa xəzinəsinə çoxlu sərvət axıb gəlirdi. Roma papaları pul alıb dindarların cinayət və günahlarını bağışlayırdılar. Kilsədə günahların bağışlanması barəsində xüsus fərmanlar indulgensiyalar -cənnət qəbzləri (günahların bağışlanması haqqında kilsə fərmanı belə adlanırdı) satılırdı.
Katolik kilsəsinin güclü olduğuna baxmayaraq, şəhərlilər və kəndlilər arasında kilsənin təliminə qarşı çıxanlar da vardı. Ruhanilər belə adamları bidətçi, yəni dönük (dinindən dönən) adlandırırdılar. Bidətçilər baha başa gələn kilsə mərasimlərini rədd edir, ruhanilərin onda bir vergisindən, öz torpaq mülklərindən və var-dövlətlərindən əl çəkmələrini tələb edirdilər. Bidətçilər papanı allahın deyil, şeytanın canişini hesab edirdilər. Bidətçilərin mübarizəsi xalq kütlələrinin katolik kilsəsisinin zülmənə qarşı narazılığının ifadəsi idi. Kilsə bidətçilərin daha çox olduğu vilayəıtlərə hərbi yürüşlər təşkil edirdi. XIII əsrin əvvəllərində papa III İnnokenti feodalları Fransanın zəngin cənub vilayətlərinə bidətçilərə qarşı yürüşə çıxmağa çağırdı. Fransanın şimalında yaşayan cəngavərlər çoxlu qənimət əldə etmək üçün yürüşdə həvəslə iştirak etdilər. 20 il davam edən müharibə nəticəsində Cənubi Fransanın bir çox şəhərləri talan edildi və dağıdıldı.
Bidətçilərə qarşı mübaizə aparmaq üçün papa xüsusi kilsə məhkəməsiinkvizisiya («təhqiqat» deməkdir; kilsə təliminə qarşı çıxanları mühakimə etmək üçün Roma papasının yaratmış olduğu kilsə məhkəməsi) yaratdı. Məhkumun əmalkı kilsə hakmiyyət orqanları və xəbərçilər arasında bölüşdürülürdü. Kilsə orta əsrlərdə feodalizm quruluşunun dayağı idi.