Naxçıvan 4500-5000 illik tarixi ilə şərq sivilizasiyasının beşiyi, şərqin ticarət, sənətkarlıq, elm və mədəniyyət mərkəzlərindən biridir. Tarixi mənbələrə görə XVIII əsrdə Naxçıvanda əsasən dəriçilik, papaqçılıq, çəkməçilik, dəmirçilik, miskərlik, toxuculuq, ipəkçilik və sair peşə və sənətkarlıq sahələri mövcud olmuş və inkişaf etmişdir. XIX əsrdə Naxçıvan və Ordubad şəhərləri diyarın ticarət və sənətkarlıq mərkəzləri olmuş, burada iqtisadiyyatın əsas sahələrini pambıqçılıq və ipəkçilik təşkil etmişdir. Istehsal olunan pambıq və bez parçalar Nijni-Novqoroda, Tiflisə, Moskvaya, Türkiyəyə, mədəni üsullarla işlənilən ipək parçalar isə Təbrizə ixrac edilmişdir.
Naxçıvan Muxtar Respublikasının müasir iqtisadiyyatı özünün çoxsahəli strukturu ilə Azərbaycanın digər regionlarının iqtisadiyyatından fərqlənir. Bu, muxtar respublikanın Azərbaycan Respublikasının əsas ərazisindən təcrid edilmiş coğrafi məkanda yerləşməsi və bununla əlaqədar yerli tələbatı müvafiq istehsal sahələri yaratmaqla daxili imkanlar hesabına təmin etmək zərurəti ilə bağlıdır. XX əsrin ikinci yarısından başlayaraq muxtar respublikada yeni istehsal sahələri yaradılmış, zəngin təbii ehtiyatlar aşkara çıxarılaraq istismara cəlb olunmuş, sənaye müasir texnika və texnologiya ilə təchiz edilmişdir. Naxçıvan Muxtar Respublikası inkişafda olan çoxsahəli sənaye və aqrar-sənaye respublikasıdır. Sənayedə yerli kənd təsərrüfatı məhsullarının emalı və faydalı qazıntı hasilatı xüsusi yer tutur. Elektronika, metal emalı, tikinti materialları və yüngül sənayesi var. Kənd təsərrüfatı əsasən taxılçılıq, heyvandarlıq, tərəvəzçilik və bağçılıq sahəsində ixtisaslaşmışdır.
Sosial-iqtisadi inkişafı xarakterizə edən ümumi daxili məhsul istehsalı 2007-ci ildə 1995-ci illə müqayisədə 12,5 dəfə artaraq 544 milyon 959 min manat olmuşdur. Adambaşına düşən ümumi daxili məhsulun həcmi 1995-ci illə müqayisədə 1296 manat artaraq 1426 manat təşkil etmişdir. Iqtisadi inkişafda müşahidə olunan artım meylləri mövcud istehsal müəssisələrinin fəaliyyətlərini bərpa etməsi ilə yanaşı, yeni istehsal sahələrinin istifadəyə verilməsi nəticəsində mümkün olmuşdur. Son 4 il ərzində muxtar respublika üzrə 148 istehsal və xidmət sahəsi fəaliyyətə başlamışdır. Azad sahibkarlığın, xüsusi mülkiyyətin və kiçik biznesin inkişafı üçün yaradılmış əlverişli şəraitin nəticəsi olaraq ümumi daxili məhsulda özəl bölmənin payı artaraq 86,5 faizə çatmışdır. Kapital qoyuluşuna yönəldilən investisiyalar yeni istehsal müəssisələrinin, təhsil, səhiyyə, mədəniyyət, elm ocaqlarının, inzibati obyektlərin, infrastuktur sahələrinin tikilib istismara verilməsinə xidmət edir. Həyata keçirilən islahatlar əhalinin məşğulluq səviyyəsinin yüksəldilməsinə və maddi rifah halının yaxşılaşmasına səbəb olmuşdur. Aparılan məqsədyönlü tədbirlər nəticəsində 2003-cü ilin oktyabr ayından başlayaraq 2007-ci ilin sonunadək muxtar respublikada 30639 yeni iş yeri açılmışdır ki, onun da 19213-ü və ya 62,7 faizi daimi iş yerləridir. Muxtar respublikada gömrük infrastrukturunun təkmilləşdirilməsi, xarici ticarətin liberallaşdırılması, investorlar üçün əlverişli şəraitin yaradılması öz bəhrəsini vermiş, muxtar respublikanın regionda ticarət və turizm mərkəzi kimi nüfuz qazanmasına əhəmiyyətli təsir göstərmişdir. Aparılan tədbirlərin nəticəsi olaraq xarici iqtisadi əlaqələr ildən-ilə artır, dərinləşir və onun coğrafiyası genişlənir. 2007-ci ildə muxtar respublikada fəaliyyət göstərən müəssisə və təşkilatlar, fiziki şəxslər tərəfindən 28 xarici dövlətlə aparılan ticarət əməliyyatları nəticəsində 92 milyon 118 min ABŞ dolları həcmində xarici ticarət dövriyyəsi yaranmışdır.
XX əsrin 90-cı illərinin əvvəllərindən Ermənistanın Azərbaycan torpaqlarını işğal etməsi nəticəsində Naxçıvan Muxtar Respublikası ətraf aləmdən tamamilə təcrid olunmuşdur. 17 ildən artıq bir dövr ərzində blokada şəraitində yaşayan muxtar respublikanın iqtisadi həyatında müşahidə olunan tənəzzül həyata keçirilən proqram xarakterli sistemli tədbirlər nəticəsində qısa müddətdən sonra iqtisadi tərəqqi ilə əvəzlənmişdir. Bu gün muxtar respublika iqtisadi inkişaf səviyyəsinə görə Azərbaycan Respublikasının regionları arasında ilk yerlərdən birini tutur.