Tarix kitablarından oxuyuruq ki, 1192-ci ildə baş verən zəlzələ nəticəsində Şirvanşahlar dövlətinin paytaxtı olan Şamaxı dağılır. Şirvanşahlar Bakını özləri üçün yeni paytaxt seçirlər və 1420-ci ildən başlayaraq orada yeni iqamətgah - indiki Şirvanşahlar sarayını inşa edirlər. Bu zaman ortaya belə bir sual çıxır: bəs arada qalan 200 illik bir zamanda Şirvanşahların iqamətgahı hara olub?
Bu sualın cavabı Bakı buxtasında Xəzər dənizinin suları altındadır. Əhali arasında dolaşan əfsanə və rəvayətlərdə vaxtilə Bakıya lap yaxın olan, sonradan isə Xəzərin suları altında qalan şəhərdən danışılır.
Tarixi mənbələrdə də Bakı yaxınlığında dənizdə qala, şəhər barədə söhbət açılır. Məsələn, Arif Ərdəbili 1369-cu ildə yazdığı "Fərhadnamə" dastanında Bakıda gördüklərini belə qələmə alır:
"Bakıda dənizdə bir qala var ki, yeni şəhər qalasını orada su basmışdır".
Burada itmiş, daha doğrusu suların altında qalmış şəhərdən bəhs olunduğu şübhə doğurmur. Yəqin ki, bu qala tikintisi başa çatandan bir əsr keçməmiş dənizə qərq olub və Arif Ərdəbilinin vaxtında o hələ el yaddaşında "yeni şəhər qalası" kimi qalırdı. Bu deyim həm də Bayıl qəsrinin şəhər qalası olmasını, yəni Bakının müdafiə sisteminə daxil edilməsini bir daha təsdiq edir.
XIX yüzillikdə yaşamış görkəmli Azərbaycan tarixçi alimi, siyasi xadim Abbasqulu Ağa Bakıxanov Bayıl qəsri haqda yazmışdır: "Bakı şəhəri qarşısında, dəniz içərisində indi də görünən bürclərdən, hasarlardan, qəbir daşlarından və tarixçilər tərəfindən bu şəhərin keçmiş vəziyyəti haqqında yazılan təsvirlərdən məlum olur ki, dörd-beş yüz il bundan əvvəl abad olan yerlər indi su altında qalıb. Ehtimal ki, bir zamandan sonra bu yerlər yenə zahirə çıxsın".
Müxtəlif mənbələrdə müxtəlif cür: "Şəhri səbayel", "Şəhri səba", "Sualtı şəhər", "Səbayıl", "Səbayel qəsri", "Bayıl qəsri", "Bayıl daşları", "Karvansara", "Xanəgah" adlanan bu abidə XX əsrin 30-cu illərində Xəzərin səviyyəsinin enməsi nəticəsində üzə çıxdı. Yerli camaat sakit havalarda suyun altında üzəri yazılı daş kitabələr görməyə başladı.
Azərbaycan Respublikası Elmlər Akademiyasının Tarix İnstitutu 1939, 1940, 1946, 1962 və 1969-cu illərdə həmin ərazidə suyun altında arxeoloji tədqiqat işləri apardı. Məlum oldu ki, uzun əsrlər suyun altında qaldığından qəsr dağılmış, onun təkcə özülləri və epiqrafik abidələri - yazılı daş kitabələri qalmışdır. Tədqiqat nəticəsində 9 binanın (onlardan yalnız ikisində ocaq yeri vardı) özülü aşkar edildi və suyun altından 699 ədəd epiqrafik abidə, saxsı qablar və onların fraqmentləri, Şirvanşah Gerşasba (1203/4-1224) aid mis pullar üzə çıxarıldı. Burada üzəri XII-XIII əsrlər üçün səciyyəvi olan şirli qabların parçalarına da rast gəlinib. Mərkəzi meydandakı saxsı məmulatlar arasında müxtəlif diametrli dulus borularının qırıqları da aşkar edilmişdir. Onlar yəqin ki, su kəmərləri olmuşdur. Daş kitabələr üzərindəki yazılar ərəb qrafikası ilə əsasən fars dilində həkk edilmişdir. Yazılardan əlavə, daşların üzərində insan başlarının anfas barelyef təsvirləri, realist və stilizə edilmiş insan, heyvan, quş təsvirləri, mifik təsvirlər, natural ölçüdə at, şir barelyefləri, özünəməxsus zəncirvari nəbati ornamentlər var.
Aparılan arxeoloji və tarixi tədqiqatlar nəticəsində təsdiq olunub ki, vaxtilə Bakı buxtasında sahildən təxminən 300 metr aralı kiçik bir adada kifayət qədər böyük tikili inşa edilibmiş. Qalanın tikilməsi vaxtının birinci göstəricisi divarın hörgüsündən tapılmış, XIII əsrin birinci rübündə zərb edilmiş Şirvanşah III Fəriburzun pulu olub. Şirvanşah Fəriburz ibn I Quştəsb 1225-1243-cü illərdə hökmranlıq edib. Qalanın tikilib başa çatdırılması onun hakimiyyət illərinə düşür.
"Bakı Atlantidası"nın tikililərinin özülünün tədqiqindən aydın olur ki, o zaman Xəzərin səviyyəsi indikindən 2 metr aşağıda olub. Səbayel daşlarının tapıldığı yer quru yolla Abşeron yarımadasına birləşib.
Şirvanın başqa iri müdafiə tikililərində olduğu kimi, Bayıl qəsrinin memarlıq tərtibatında da bədii daş relyeflər, yonma daş fiqurlar işlədilmişdir. Daş kitabələrin üzərindəki yazılardan onların 1234-1235-ci illərdə hazırlandığı məlum olur. Kitabələrdə "sultan" və "şah" kimi titullar, Şirvanşahlar dövlətinin ayrı-ayrı şəhərlərinin adlarına rast gəlinir. Məlum olmuşdur ki, qəsrin memarının adı Əbdülməciddir. Əbdülməcid, eyni zamanda, dairəvi Mərdəkan qalasının da müəllifidir.
XIV əsrin II yarısının müəllifi olan Arif Ərdəbilinin verdiyi məlumata görə, Səbayıl qəsrinin kitabələri qəsrin xarici divarlarının yuxarı hissəsini sanki kəmər kimi dövrələmişdir. Ümumi uzunluğu 400 metrə çatan kitabələrin bir hissəsi ərəb, böyük hissəsi isə fars dilindədir. Hazırda müəyyən hissəsi Şirvanşahlar Saray Kompleksinin həyətində sərgilənən bu daş kitabələrin hər birinin uzunluğu 70 sm, eni 25-50 sm, qalınlığı isə 15-25 sm.-dir. Kitabələrdən Səbayıl qəsrinin epiqrafik abidələrinin müəllifinin - xəttatın adı da oxunub: "Əməli ustad Zeynələddin bin Əburəşid Şirvani". Maraqlı burasıdır ki, tikintidə Zeynələddinlə bərabər onun atasının adını daşıyan oğlu da iştirak etmişdir.
Bayıl qəsrinin daş kitabələrinin araşdırıcıları 15 Şirvanşahın adını, tikinti tarixlərini də oxuyub, həmçinin başqa məlumatlar da əldə ediblər.
15 bürclə əhatə olunmuş, şimaldan cənuba uzanan qəsrin uzunluğu 180 m, eni isə 40 m.-dir. O, qeyri-düzgün formalı düzbucaqlı şəklində imiş. Qala bürclərinin 3-ü dairəvi, 12-i yarımdairəvi formada olub.
Güman etmək olar ki, Bayıl qəsrinin güney qapısı və qarşısındakı tikililər dəniz ticarəti ilə bağlı istifadə edildiyi halda, sahilə yaxın quzey qapısı və onun qarşısındakı tikililər isə Şirvanşahların iqamətgahı olub. Qəsrin demək olar ki, ortasında - daş döşəməli meydançada monumental bir tikilinin özülü üzə çıxarılıb. Bəzi araşdırıcılar bu yerdə Abşeron qalalarının ənənəvi qüllələri tipində bir qüllənin ucaldığını söylədikləri halda, başqaları onu atəşgah, qədim qülləvari məbəd hesab edirlər. Bəlkə də bu meydançada iri saray binası ucalıbmış.
XII-XIII əsrlərdə möhkəm qəsr, həm də qala-liman kimi tikilmiş və Bakının dənizdən qorunmasında mühüm yer tutan Bayıl qəsri ola bilər ki, daha qədim bir kompleksin özülləri üzərində salınmışdır. Buxtadakı bu tikililərin tədqiqatı göstərir ki, qəsr həm də dəniz müdafiə qalası olub.
Eyni zamanda, Bayıl qəsri Şirvanşahların yeni paytaxt yaxınlığında iqamətgahı olmuşdur. Səlnamələrin verdiyi məlumatlara görə, 1306-cı ildə dənizdə güclü zəlzələ baş vermiş, suyun səviyyəsi qəflətən yuxarı qalxdığı üçün ada və onun üzərindəki qəsr suyun altında qalmışdır. Bundan sonra da Şirvanşahlar İçərişəhərdə özləri üçün yeni saray tikdirməyə məcbur olmuşlar.